Wenn Du als WBA angestellt bist, dann gehen die KV-Gelder sowieso an Deinen Chef, Du verwendest ja auch seine Formulare und Hardware...
Wieviel er an Dich durchreicht, hängt von Deinem konkreten Arbeitsvertrag ab (teilweise sind die Dienste ja "inclusive"). Wie die (seltenen) Selbstzahlerpatienten behandelt werden, also ob Du selbst eine Rechung schreibst oder Dein Chef, sollte auch vor dem ersten Dienst geklärt werden.
Wenn Du angestellter FA mit eigener KV-Zulassung bist, hängt es auch von Deinem Vertrag ab.