Wie die meisten Grundrhythmen, wird der Alpha-Rhythmus im Thalamus generiert. Man geht heute davon aus, dass der Alpha-Rhythmus eine verstärkte Aktivität inhibitorischer Neurone vom Thalamus zum Kortex - vor allem zum primären und sekundären visuellen Kortex - darstellt und dementsprechend okzipital am stärksten ist.