Dann schreibst du dir halt jeden Tag, an dem du keine Pause machen konntest, 30min Mehrarbeit auf mit dem Kommentar "Keine Mittagspause möglich" und wenn du länger als 9 Stunden bleibst +45min.
Bei uns wird es idR so geregelt, dass derjenige, der zur Pause auslöst, erst mal selbst Pause machen soll und anschließend auslöst.
Wer länger als 9h arbeitet, hat 45min Ruhezeit vorgesehen. Das wird oft automatisch bei Stundenerfassungen verzeichnet.