Das wird dir in der Regel vorgegeben und hat Verwaltungs-interne Gründe, wie viele Ärzte (aus welchem Ausbildungsstand) an der MF oder der AöR angestellt sind ist auch nicht in jeder Klinik des Uniklinikums gleich.
Für dich als frischer Assistenzarzt macht es keinen wesentlichen Unterschied, da im großen und ganzen die Inhalte ähnlich sind. Erst für subspezialisierte Fachärzte gibt es im HTV eine Gehaltsgruppe, die es im TVÄ nicht gibt und die einen deutlichen Einkommenszuwachs bedeutet. Dummerweise (oder auch gewollt) werden die beiden Verträge immer zu unterschiedlichen Zeiten verhandelt, daher ist zeitweise der eine Vertrag 'besser', zeitweise der andere.