Was die Präferenz der Betreuerin angeht solltest du erst abklären, wie intensiv die Betreuung wirklich ist, und ob sie beide Programme beherrscht und nur R bevorzugt oder ob es das einzige Tool ist mit dem sie umgehen kann.
Bezüglich der Frage welches Tool du wählen solltest wurde ansonsten eigentlich alles gesagt. R bietet mehr Möglichkeiten und es gibt mehr Onlineressourcen um es zu lernen, außerdem ist es Open Source und kostenlos. Bei SPSS handelt es sich um eine sehr spezialisierte und eben auch kostspielige Software. Wobei R auch ziemlich spezialisiert ist, solltest du später aus deinem Modell eine App oder ein Programm machen wollen über die neue Daten von Nutzern eingegeben und das Modell damit ständig aktualisiert wird würde ich eher zu was anderem wie Python raten. Aber das scheint hier ja nicht der Fall zu sein.
Weißt du denn schon, wie komplex die Analysen werden sollen, und welche Modelle du für die erhobenen Daten anwenden willst?