Ich mache es so:
1. Speichern der pdf-Datei
Du hast mit den aktuellen Windows-Versionen keine relevante Begrenzung der Länge von Dateinamen (bei NTFS 259 Zeichen + 247 für den Pfad, bei FAT32 255 inkl. Pfad). Also warum sich mit kurzen Namen stressen? Meine Variante folgt dem Schema: "ZEITSCHRIFT - ERSTAUTOR - TITEL" Zeitschrift natürlich abgekürzt und Titel ebenfalls so lange es verständlich bleibt. Die pdfs sind dann im Literaturverwaltungsprogramm mit dem entsprechenden Eintrag verknüpft. Vorteil der langen Benennung: Auch ohne Start der Literaturverwaltung findet man schnell das gesuchte Paper. Unterordner habe ich nicht genommen. Erscheint mir auch ungünstig, weil ich mehrere Paper sowohl in der Einleitung als auch in der Diskussion habe.
2. Ablage der ausgedruckten Paper
Die habe ich dann nach Erstautor in meinen vier Aktenordnern. Dazu eine alphabetische Registratur und du findest alles schnell wieder.
Insgesamt würde ich jetzt erst anfangen, Paper zu suchen wenn ich auch am entsprechenden Kapitel schreibe. Bei früherem Suchen und Lesen vergisst man eh alles wieder, hab ich zumindest nicht geschafft. Manchmal ist noch die Volltext-Such-Funktion des neuen Acrobat-Readers ganz hilfreich. Dauert zwar ein wenig. Aber wenn ich ein paper gar nicht mehr finde, kann ich die Volltext-Suche einmal über meinen ganzen Literaturordner laufen lassen.
Damit bin ich bisher ganz gut gefahren (schreibe gerade die letzte Korrektur) und habe knapp 150 Literaturstellen in der Arbeit.