Ich bin, ehrlich gesagt, etwas überrascht wie du bereits 6 Semester mit Teilstudienplatz studieren konntest ohne dich mit diesem Thema auseinander zu setzen. Wie hast du denn gedacht, geht dein Studium nach dem Physikum weiter?
Die übliche Vorgehensweise mit Teilstudienplatz ist die Bewerbung auf ein höheres Fachsemester. Wird man an einer Uni im höheren Fachsemester angenommen, hat man einen Vollstudienplatz und kann an dieser Uni auch nach dem Physikum weiterstudieren. Idealerweise bewirbt man sich halt schon ab dem 1. Semester immer wieder an allen Unis und kommt früher oder später an einer Uni unter. Diese Möglichkeit hast du leider jetzt schon verpasst.
Für dich wird es halt jetzt schwierig, weil du bereits 6 vorklinische Semester hast und die auf ein quasi "nicht vorhandenes" 7. vorklinisches Semester bewerben müsstest. Um herauszufinden, wie die Unis das handhaben, musst du dir halt die entsprechenden Auswahlsatzungen etc. durchlesen. Wenn man "Bewerbung höheres Fachsemester Uni xy" googelt, kommt man eigentlich an alle Infos die man so braucht. Wenn dir nur noch der Schein in BC fehlt, würde ich mich im Zweifel eben aufs 4. Fachsemester bewerben. Ob das allerdings Erfolg hat, weiß ich auch nicht.
Oder eben mal in Gießen anrufen, deinen Fall schildern und fragen, wie du bei einer Bewerbung verfahren sollst.
Und ja, die Wartesemester werden weiter gezählt. Wenn du genug Wartesemester hast, dann bekommst du regulär über HSS einen Platz für das 1. vorklinische Semester. Ob die Uni dich dann hochstuft und in welches Semester sie dich stuft, liegt an der Uni. Viele Unis stufen gar nicht noch, da musst du wieder im ersten Semester anfangen. Du kannst dir dann zwar deine vorhandenen Scheine anerkennen lassen, musst allerdings trotzdem 4 Semester warten bis du zum Physikum antreten kannst. Solltest du diesen Weg wählen, würde ich mich im Vorfeld genau informieren, welche Unis überhaupt hochstufen. Mainz z.B. schließt diese Option von vorne herein aus.