Die Gemeinsamkeiten: Beides sind (in Medizin) absolute Massenunis. Beide halten sich für top in Sachen Forschung und Patientenversorgung.
Die Unterschiede: Wien hat als Stadt deutlich mehr zu bieten. Wien ist eher wie ein dt. Modellstudiengang organisiert, während München ein Regelstudiengang ist. (Man hat in Wien also bereits früher klinische Inhalte, dafür kommen die Grundlagen relativ kurz.) In Wien bekommt man den Dr. med. univ. (fast) geschenkt. In Wien zahlt man pro Jahr nur €209 für die öffentlichen Verkehrsmittel. In Wien ist man mit dem Studium schon im Juni/Juli fertig, in München erst im November/Dezember - man spart also (wenn man nachher in Deutschland arbeiten will) fünf Monate. (Wenn man hingegen nachher in Österreich arbeiten will, muss man zuerst die neunmonatige "Basisausbildung" aka Turnus neu aka KPJ die zweite machen )
Ich kenne ein paar Leute, die Wien studiert haben und jetzt im KPJ sind - sehr begeistert von ihrem Studium sind die nicht. Es ist alles recht einfach, recht bequem, aber den Lerneffekt haben sie nicht so toll bewertet. (Dafür hat man im KPJ extrem viel Papierkram zu erledigen - für jedes Lernziel fleißig Dokumentation zusammenstellen ) Vermutlich lernt man in München während der ersten fünf Jahre mehr - bzw. muss mehr lernen