Da der Studiengang in Köln gar nicht so modellig ist, ist der Tausch in den Regelstudiengang prinzipiell nicht so dramatisch. Man muss dann nur schauen, ob die Unis Scheingleichheit bzw. eine bestimme Anzahl von Scheinen fordern (zB nach dem 1. Semester die 3 Naturwissenschaften und Termi).
Dein größeres Problem wird eher sein, dass München nicht zum Sommer anfängt und du damit niemals Semestergleichheit haben kannst. Auch beim Tausch nach dem Physikum kann es sein, dass die Anzahl der Vorkliniksemester identisch sein müssen. Da würde ich mich an deiner Stelle mal an die Leute in München wenden unter welchen Umständen und wann ein Tausch möglich wäre. Die sind da aber wohl zum Teil sehr sehr unfreundlich...